Fonds de Lyon-Fourvière
Le noyau de la bibliothèque des Facultés Loyola Paris (anciennement Centre Sèvres) provient de la faculté de théologie jésuite de Lyon-Fourvière. Cette bibliothèque a été transférée au Centre Sèvres en 1974. On aménage alors des magasins autour de l’église Saint-Ignace et des salles de lecture attenantes, accessibles par le 3e étage du Centre Sèvres.
Fonds des Fontaines-Chantilly
En 1999, la fermeture de la bibliothèque jésuite des Fontaines à Chantilly et le transfert d'une grande partie du fonds à la Bibliothèque municipale de Lyon ont des répercussions considérables sur la bibliothèque des Facultés Loyola Paris : il fut décidé de garder les Jesuitica (cotes C, N et W, c'est-à-dire spiritualité ignatienne et histoire de la Compagnie et quelques revues liées à la compagnie), puis en lien avec ce fonds, de prélever dans les autres secteurs de la bibliothèque des écrits des auteurs jésuites de l’Ancienne Compagnie . Par commodité on a appelé cet ensemble « liste Derville », du nom du Père André Derville qui sélectionna les ouvrages à garder. Cet ensemble représente environ 40 000 volumes.
Il fut également décidé de conserver des ouvrages de patristique et la majorité des monographies du fonds de philosophie (cotes P et Q sauf un petit fonds d'usuels partis à Lyon). La décision de garder ce fonds de philosophie fut motivée par la nécessité de renforcer le pôle philosophique du Centre Sèvres héritier à la fois de la faculté de théologie de Fourvière et de la faculté de philosophie de Chantilly. Cet ensemble (environ 30 000 volumes) a été intégré aux collections de Sèvres. A noter que les livres de philosophie ont gardé leur ancien plan de classement.
Les manuscrits ont fait l'objet d'un catalogue imprimé. Dans ce catalogue, le sigle * figurant en tête des cotes signifie que ces manuscrits font partie du Fonds Jésuite, conservé sur le site de la rue de Grenelle. Les autres manuscrits sont conservés à la bibliothèque municipale de Lyon.
Fonds "TOU"
Le fonds TOU est constitué de livres en provenance de diverses bibliothèques jésuites de province fermées depuis 1999 (Toulouse, Meudon, Nantes, etc.), des livres précieux extraits des collections de Sèvres, des fonds de la rue Monsieur et de la rue de Grenelle. Il reçoit aussi des dons de provenances diverses concernant surtout le domaine Jesuitica.
Fonds Grenelle
Bibliothèque de communauté et donc liée aux activités des jésuites appartenant à cette communauté, elle a longtemps accueilli des chercheurs jésuites en phase de rédaction de mémoires ou de thèses (jusque dans les années 1970). Son fonds est équilibré mais sans grande particularité. De nombreuses collections sont arrêtées. Le taux de recouvrement avec Sèvres est important en Bible, théologie et philosophie, mais beaucoup plus faible pour la littérature, la spiritualité, le droit canon, les biographies.
Le projet de rassembler sur le site de la rue de Grenelle, plusieurs bibliothèques jésuites parisiennes l’a placée en première ligne. Elle a été sacrifiée sur l’autel du projet commun et a subi les plus gros désherbages. Les ouvrages manquant à Sèvres ainsi que les doubles jesuitica ancienne Compagnie ont été systématiquement conservés. Les doubles ont été cédés à la bibliothèque du philosophat s.j. de Madagascar. Les 22 000 volumes restants vont faire l’objet d’un second désherbage. On éliminera les ouvrages en double avec le fonds de la rue Monsieur.
Fonds Monsieur - Etudes
Comme Grenelle, c’est une bibliothèque de communauté. Son fonds historiquement cohérent et longtemps lié aux activités des revues « Études » et « Recherches de science religieuse » a été conservé dans son intégralité. Il faut noter le nombre important d’exemplaires dédicacés aux jésuites collaborateurs des revues. Le fonds est encyclopédique avec une dominante historique et contient de nombreux livres anciens (entre 15 000 et 20 000 volumes). Le fonds de littérature rassemble un corpus abondant et varié mais peu d’études de type universitaire. En 2012 la bibliothèque a été déménagée sur le site Grenelle.
CERAS
Cette bibliothèque spécialisée en sciences sociales, héritière des travaux de l’Action populaire a subi de nombreux déménagements accompagnés chaque fois de l’amputation d’une partie de ses collections. C'est ainsi que La bibliothèque de l'Université de Picardie-Jules Verne conserve une grande partie de ses livres (15 000 volumes donnés en 1999 et 7 000 en 2009). En 2005 le CERAS (Centre de recherche et d'action sociale) prélève environ 500 volumes qu’il transporte dans ses nouveaux locaux à La Plaine Saint-Denis et cède le reste à la bibliothèque du Centre Sèvres. Après désherbage et dédoublonnage, 8 400 volumes ont été gardés par la bibliothèque, ils sont tous signalés sur la base.
On trouve dans ce fonds la plupart des publications de l'Action populaire dont les revues et une collection complète des "brochures jaunes" (vous les trouverez en interrogeant le catalogue avec une recherche "collection" : brochures jaunes).
Département d'éthique biomédicale
La bibliothèque du Département d’éthique biomédicale [DEB] se présente plutôt comme un Centre de documentation. Le public très spécialisé et assez restreint a pour interlocuteurs les responsables du DEB. Les nouvelles acquisitions dans le domaine de l'éthique biomédicale se font à la Bibliothèque des Facultés Loyola Paris. Le catalogue (2975 notices) se retrouve entièrement sur la base.
Bibliothèque Blomet
Bibliothèque de maison de formation, elle fournit aux étudiants jésuites des ouvrages de base pour leurs études. Dans ce domaine, elle joue le rôle de réservoir pour le prêt et le taux de recouvrement avec Sèvres est important. Du fait de la présence de nombreux enseignants dans la communauté de la rue Blomet, des acquisitions plus spécialisées ont été faites pour leurs besoins, mais n’ont pas été poursuivies à leur départ. Les liens avec la bibliothèque des Facultés Loyola Paris sont très étroits : le catalogage informatique des nouveautés a débuté dès 1994, les commandes sont centralisées et réceptionnées rue de Sèvres.
Parmi les ouvrages prestigieux confiés par les jésuites à Lyon, se trouve un cahier de la 
En 2003, la bibliothèque Diderot de l'